科學(xué)出版社由中國(guó)科學(xué)院主辦，為適應(yīng)社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)，在組織結(jié)構(gòu)、選題結(jié)構(gòu)、市場(chǎng)結(jié)構(gòu)、經(jīng)營(yíng)管理機(jī)制等方面進(jìn)行大幅度的調(diào)整。

科學(xué)出版社領(lǐng)導(dǎo)班子始終清醒地認(rèn)識(shí)和把握正確的出版方向，在制訂發(fā)展戰(zhàn)略中，一直把主攻高層次學(xué)術(shù)專(zhuān)著、基礎(chǔ)理論、國(guó)家重大項(xiàng)目、基本資料和社會(huì)公益性圖書(shū)放在首要位置。一方面在人力、財(cái)力、物力各方面給予保證，另一方面根據(jù)科研、教育、生產(chǎn)和人才培養(yǎng)需要，及時(shí)開(kāi)發(fā)和推出一批批為科學(xué)研究基地服務(wù)、為發(fā)展高技術(shù)產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)服務(wù)、為培養(yǎng)人才服務(wù)的具有先進(jìn)水平的專(zhuān)著、基礎(chǔ)理論、高技術(shù)與應(yīng)用技術(shù)的系列圖書(shū)。

公司始終堅(jiān)持“專(zhuān)業(yè)化、精品化、系列化”的出版理念，高度重視重大重點(diǎn)出版工程建設(shè)，入選國(guó)家出版基金項(xiàng)目42項(xiàng)；入選國(guó)家科學(xué)技術(shù)學(xué)術(shù)著作出版基金項(xiàng)目占總數(shù)的一半以上；入選“十二五”國(guó)家圖書(shū)重點(diǎn)出版規(guī)劃項(xiàng)目90個(gè)、“十三五”國(guó)家重點(diǎn)圖書(shū)出版規(guī)劃項(xiàng)目70個(gè)；入選“三個(gè)一百”原創(chuàng)出版工程15種；等等。公司入選各類(lèi)出版基金和部級(jí)規(guī)劃項(xiàng)目的數(shù)量均在全國(guó)出版社中位列前茅。

公司榮獲各類(lèi)部級(jí)出版榮譽(yù)的數(shù)量也在全國(guó)出版社中位居前列：1993年榮獲國(guó)家首批“全國(guó)優(yōu)秀出版社”稱(chēng)號(hào)；自1997年以來(lái)，公司共有12項(xiàng)圖書(shū)及成果先后榮獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)（科普類(lèi)）；自2006年中國(guó)出版工作者協(xié)會(huì)啟動(dòng)中華優(yōu)秀出版物獎(jiǎng)評(píng)選以來(lái)，公司在6屆評(píng)選中共有9項(xiàng)圖書(shū)獲獎(jiǎng)；自2007年國(guó)家新聞出版廣電總局啟動(dòng)中國(guó)出版政府獎(jiǎng)以來(lái)，公司共獲得先進(jìn)出版單位獎(jiǎng)、圖書(shū)獎(jiǎng)、期刊獎(jiǎng)等各類(lèi)榮譽(yù)28項(xiàng)，其中圖書(shū)獎(jiǎng)14項(xiàng)；2009年榮膺“全國(guó)百佳圖書(shū)出版單位”稱(chēng)號(hào)；2012年，公司被、文化部、廣電總局、新聞出版總署四部委聯(lián)合授予“全國(guó)文化體制改革工作先進(jìn)單位”光榮稱(chēng)號(hào)；自2012年以來(lái)，公司連續(xù)多年被首都精神文明建設(shè)委員會(huì)授予“首都文明單位”稱(chēng)號(hào)。

公司還擁有一個(gè)高水平、高質(zhì)量、多品種的期刊方陣，2019年，公司年出版期刊347種，其中英文期刊131種，被SCI（《科學(xué)引文索引（ScienceCitationIndex）》）收錄53種、被EI（《工程索引（EngineeringIndex）》）收錄50種，有14種位于國(guó)際同類(lèi)期刊Q1區(qū)。其中，《中國(guó)科學(xué)》、《科學(xué)通報(bào)》系列（簡(jiǎn)稱(chēng)“兩刊”）中英文17種期刊，是在中國(guó)科學(xué)院學(xué)部平臺(tái)上運(yùn)作和管理的高水平學(xué)術(shù)期刊，是我國(guó)自然科學(xué)期刊中的知名品牌，曾獲得第一、二、三屆國(guó)家期刊獎(jiǎng)，第二、三、四屆中國(guó)出版政府獎(jiǎng)期刊獎(jiǎng)等榮譽(yù)。高端綜述性學(xué)術(shù)期刊《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》（NationalScienceReview）最新影響因子（2018）達(dá)13.222，在全球多學(xué)科綜合類(lèi)期刊中排名第三。

公司積極響應(yīng)中央文化“走出去”戰(zhàn)略部署，與20多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的200多家出版公司建立了長(zhǎng)期的良好合作關(guān)系,并在設(shè)立美國(guó)、日本全資子公司的基礎(chǔ)上，于2019年完成了對(duì)法國(guó)EDPSciences100%股權(quán)的收購(gòu)，完善了全球業(yè)務(wù)布局。近年來(lái)，每年輸出圖書(shū)版權(quán)均位居科技出版社之首，先后榮獲全國(guó)版權(quán)輸出先進(jìn)單位、2008中國(guó)版權(quán)最具影響力企業(yè)、2015年全國(guó)版權(quán)示范單位等稱(chēng)號(hào)，并且連續(xù)多年被商務(wù)部、宣傳部、財(cái)政部、文化部、廣電總局等五部委聯(lián)合評(píng)為“國(guó)家文化出口重點(diǎn)企業(yè)”。

在出版業(yè)數(shù)字化轉(zhuǎn)型的浪潮中，公司大膽創(chuàng)新，明確了從傳統(tǒng)出版向知識(shí)服務(wù)轉(zhuǎn)型發(fā)展的戰(zhàn)略路徑，確立了專(zhuān)業(yè)學(xué)科知識(shí)庫(kù)、醫(yī)療健康大數(shù)據(jù)、數(shù)字教育云服務(wù)等業(yè)務(wù)創(chuàng)新轉(zhuǎn)型的方向，并先后推出了“科學(xué)文庫(kù)”、“CourseGate教育云平臺(tái)”、“SCIPMED中科醫(yī)學(xué)資源庫(kù)”、“SciEngine中國(guó)科技期刊國(guó)際傳播平臺(tái)”等多款知識(shí)服務(wù)產(chǎn)品。其中，“SciEngine平臺(tái)”入選“全國(guó)報(bào)刊媒體融合創(chuàng)新30佳”榜單，“科學(xué)文庫(kù)”榮獲“第二屆中國(guó)出版政府獎(jiǎng)音像電子網(wǎng)絡(luò)獎(jiǎng)”。2015年，國(guó)家新聞出版廣電總局還授予公司“專(zhuān)業(yè)數(shù)字內(nèi)容資源知識(shí)服務(wù)模式試點(diǎn)單位”稱(chēng)號(hào)。